Es el cuarto jugador argentino con más presencias en la selección argentina después del «Pupi» Zanetti, Lionel Messi y Javier Mascherano . Ha sido internacional con la Selección argentina en 115 ocasiones, marcando 7 goles. Su debut como internacional se produjo el 16 de noviembre de 1994 en el partido Chile 0:3 Argentina. Allí, Ayala jugó sólo pocos partidos como titular, hasta que el 30 de diciembre de 2010 anunció su retiro de la actividad profesional.